1.国际商标注册申请的提交
提交国际商标注册申请是指符合申请资格的自然人或者法人通过其商标主管部门向国际局申请办理国际商标注册。只有符合特定条件的自然人或法人才能通过马德里体系申请办理国际商标注册，即在《马德里协定》或《马德里议定书》成员国设有真实有效的工商营业场所、住所或者为该国国民，或者在作为《马德里议定书》成员的政府间组织的领土上有真实有效的工商营业场所或者住所，或者是该组织的成员国的国民。符合上述一项或多项条件的缔约方，其商标主管部门称为“原属局”。
符合条件的申请人，其商标已在原属局获得申请的，可根据《马德里协定》申请办理该商标的国际商标注册；其商标已在原属局获得申请或提出申请的，可以根据《马德里议定书》申请办理该商标的国际商标注册。国际商标注册申请可以指定一个或多个缔约方，但不能指定主管局为原属局的缔约方，而且国际商标注册申请指定的商品或服务不能超出基础申请或基础申请的商品或服务的范围。国际商标注册申请必须通过原属局提交，并由原属局对国际商标注册进行形式审查。
2.国际商标注册
广义的国际商标注册包括与国际商标注册申请及后续程序相关的所有事务。这里的国际商标注册是指狭义的国际商标注册，即指商标在国际局获得的申请。国际局对原属局转交的商标国际注册申请进行审查，对符合要求的国际商标注册在国际商标注册簿上就申请的有关内容进行申请登记，并在国际局网站上发布公告。国际商标注册日通常为原属局收到国际商标注册申请的日期。国际局未在规定的期限内收到原属局转交的国际商标注册申请，则国际商标注册日为国际局实际收到申请的日期。商标在国际局获得申请后，国际局负责向申请人发放注册证，并通知各个被指定缔约方的主管局有关国际商标注册的内容。
3.被指定缔约方的审查
国际商标注册的效力延伸至申请人在国际申请中明确指定的缔约方，自国际商标注册日起，商标在各被指定缔约方的保护，与直接向该缔约方主管局提出该商标的申请相同。被指定缔约方在收到国际领土延伸申请后，在《马德里协定》（12个月）或《马德里议定书》（18个月）规定的时限内依据其域内的法律规定进行审查。
经审查，被指定缔约方对符合其域内法规定的领土延伸申请予以保护该国际商标注册自国际商标注册日起获得的保护与该商标在被指定缔约方主管局取得申请相同。领土延伸申请不符合或部分不符合被指定缔约方域内法规定的，被指定缔约方主管局予以全部驳回或部分驳回，并在驳回期限内通知国际局。国际商标注册申请人在收到驳回通知后可依据该指定缔约方的相关法律规定申请复审或提起诉讼。在规定的驳回期限内，被指定缔约方主管局未通知国际局驳回的，即使领土延伸申请违反被指定缔约方域内法不应该获得保护，也将因“超过审限”自动获得保护。